W nocy z 5 na 6 września ewakuowane zostały władze miasta. Pozostali jedynie biskupi łódzcy z ordynariuszem diecezji biskupem Włodzimierzem Jasińskim na czele, który zaapelował, aby księża kontynuowali pracę duszpasterską. Biskup Kazimierz Tomczak podkreślił: „Powołaniem naszym jest zostać z ludem, nieść mu siłę i dawać przykład”.
Stosunek władz niemieckich na terenie Kraju Warty (Łódź wcielono do III Rzeszy w listopadzie 1939 roku) do kościołów i wyznań religijnych był uzależniony w głównej mierze od kwestii narodowościowej. Kościół odgrywał bowiem w społeczeństwie polskim dominującą rolę i to właśnie wśród duchowieństwa występowało silnie zespolenie elementów patriotycznych i narodowych. Niemcy, ograniczając działalność Kościoła katolickiego, chcieli przyspieszyć germanizację terenów wcielonych do Rzeszy. Masowa eksterminacja duchowieństwa katolickiego miała osłabić i zgnębić społeczeństwo polskie. Od początku okupacji władze nazistowskie na terenie Kraju Warty rozpoczęły prześladowania Kościoła katolickiego, zamykano kościoły oraz konfiskowano majątek kościelny.
Pierwsze represje wobec Kościoła katolickiego na terenie Kraju Warty nastąpiły już na początku okupacji, już w październiku 1939 roku, kiedy wydano rozporządzenie rozdzielające Kościół katolicki ze względu na przynależność narodowościową, wprowadzając tym samym osobne nabożeństwa dla niemieckich i polskich katolików oraz przydzielając osobne kościoły. Księża pochodzenia polskiego nie mogli pełnić posługi wobec ludności niemieckiej oraz odwrotnie.
W momencie wybuchu II wojny światowej na terenie Łodzi znajdowały się 22 kościoły katolickie, w których posługę pełniło 57 księży oraz 17 zakonników. Pierwsza fala aresztowań księży diecezji łódzkiej nastąpiła w listopadzie 1939 roku. Wówczas to zatrzymano i osadzono w więzieniu na Radogoszczu około 50 księży na czele z biskupem Tomczakiem. Księża ci zostali zwolnieni na przełomie 1939/1940 r., jednakże musieli opuścić Kraj Warty i wyjechać do Generalnego Gubernatorstwa.
Kolejna fala represji nastąpiła na początku października 1941 roku, kiedy aresztowano ponad 175 księży z terenu diecezji łódzkiej, w tym także profesorów Wyższego Seminarium Duchownego. Znaczna część duchowieństwa diecezjalnego zmarła w obozach koncentracyjnych: 112 w Dachau, a 4 w Auschwitz, co stanowi ponad 70 procent spośród wszystkich aresztowanych księży. W następstwie II wojny światowej diecezja łódzka poniosła największe straty, jeśli chodzi o liczbę osób duchownych, zginęło wówczas 132 księży, czyli ok. 54 procent stanu sprzed 1939 roku.